Emanuele Marra ha iniziato la sua carriera di preparatore atletico in Brasile, con il Cruzeiro, quando ancora stava facendo Scienze Motorie. Un’occasione che ritiene si stata determinante nel suo percorso e che è nata quasi per caso, attraverso un concorso a cui si accedeva a questa specie di Erasmus. L’esperienza brasiliana ha permesso ad Emanuele di capire che si può ottenere grandi risultati utilizzando metodi diversi e non convenzionali nella cultura italiana.
Tornato in Italia ha iniziato a collaborare con la società di Tor di Quinto, con cui ancora lavora, e dopo tre anni arrivò la chiamata della Roma per seguire le giovanili. In quel periodo un allenatore importante dei ragazzi era Vincenzo Montella e quando proprio lui fu chiamato per un cambio di panchina della prima squadra, Emanuele Marra ebbe la grande occasione di seguirlo e cominciare così la sua carriera tra i professionisti.
Negli anni seguenti Emanuele Marra ha seguito Montella con la Roma, il Catania, la Fiorentina, la Sampdoria e infine l’ultima avventura a Milano con il Milan.